讲述了忍者神龟与蝙蝠侠跨时空相遇，他们本都是默默守护正义的使者。然而在铲除罪恶的过程中蝙蝠侠和忍者神龟产生了误解，经过一系列打斗后，解除彼此的误解，共同作战，守护城市的和平以及人们的安全。
这是一部典型的美国英雄主义电影。香港回归前夕，国际恐怖组织和香港的造假巨头准备抢在回归前完成一项走私活动――将一批香港生产的内藏微型炸弹的假冒名牌V6牛仔裤偷运到美国。幸好美国中情局及早察觉了恐怖分子的计划，于是先后派出了特工哈利（保罗•索尔维诺PaulSorvino饰）、汤米（罗伯•施奈德RobSchneider饰）和凯伦（莱拉•罗尚LelaRochon饰）前往香港调查。不料道高一尺魔高一丈，中情局的特工来到香港后先后和局里失去联系身陷囫囵。中情局无奈之下，只好请香港警方出面帮忙调查。香港警方在v6牛仔裤香港供货商马库斯（尚格•云顿Jean-ClaudeVanDamme饰）的帮助下，展开了一场惊心动魄的反恐行动。
