从人类的思想和感情诞生的「e-脉冲」,被作为AI辅助装置「辅助蛋」的能量源被运用。在社会获得显著发展的背后,恐怖的怪物出现了。吞食e-脉冲进化的生命体「数码兽」。
作品的舞台是战乱不绝的“肯修姆”大陆,其中拥有青之瞳的王国“瑟古亚”与拥有赤之瞳的帝国“尼特鲁多”围绕着大陆的占有率而不停开战,一直处于劣势的青之瞳的王国“瑟古亚”,因音速少年基亚的登场,改变了一直以来处于劣势的战况,故事便由此展开了。