韦小宝（周星驰饰）要护送建宁公主（邱淑贞饰）嫁到云南，在途中遇到了独臂神尼的刺杀。小宝被抓走后，借口拜神尼为师，其实是想追求其徒弟阿珂（李嘉欣饰）。不料韦小宝被神龙教圣女龙儿（林青霞饰）抓走，想要报了之前在王宫里埋下的仇恨，却没想到遭到了平西王的陷害。韦小宝极力相救，龙儿以身相许更把绝世武功传于韦小宝。韦小宝与公主之间的事情被平西王发现了，平西王更提前造反，小宝将贪图富贵的冯锡范骗到东郊皇陵，没想到那里竟然是大清龙脉……
唐伯虎（周星驰饰）身为江南四大才子之首，却有道不尽的心酸。宁王想唐伯虎帮忙图谋作反，唐伯虎只好用内功改变脉象，令众人都相信他命不久矣。母亲埋怨他不应该把功夫暴露，因为他们家族一直被当年的仇人追杀。唐伯虎在与朋友出游时，遇到了貌若天仙的秋香并对她一见钟情，决心要到华府当家丁以追求秋香，唐伯虎被取名华安。期间华太师遇到了宁王上门刁难，幸好有唐伯虎出面相助，并暴露了自己是唐伯虎的身份。秋香才知道华安是自己欣赏的唐伯虎。华夫人跟唐家有怨，因此二人便开始斗法。怎料宁王跟夺命书生再次上门，华夫人不是对手，幸得唐伯虎出手，华夫人也答应把秋香许配给唐伯虎。
至尊宝（周星驰饰）被月光宝盒带回到五百年前，遇见紫霞仙子（朱茵饰），被对方打上烙印成为对方的人，并发觉自己已变成孙悟空。紫霞与青霞（朱茵饰）本是如来佛祖座前日月神灯的灯芯（白天是紫霞，晚上是青霞），二人虽然同一肉身却仇恨颇深，因此紫霞立下誓言，谁能拔出她手中的紫青宝剑，谁就是她的意中人。紫青宝剑被至尊宝于不经意间拔出，紫霞决定以身相许，却遭一心记挂白晶晶（莫文蔚饰）的至尊宝拒绝。后牛魔王救下迷失在沙漠中的紫霞，并逼紫霞与他成婚，关键时刻，至尊宝现身。
广州提督之子苏灿（周星驰饰）在考取武状元时，被人设计陷害沦为乞丐。因为丐帮四大长老杀了自己的教主，入主朝廷的天理教太乙真人四处迫害丐帮，加上丐帮帮主阵亡令打狗棒法失传，丐帮一时四分五裂群龙无首。在心仪苏灿的如霜（张敏饰）的暗中帮助下，传功长老选中苏灿为丐帮接班人，传以打狗律法要诀。苏灿学艺成功后，成为新任帮主，开始团结各地丐帮会员自强，共同奋力对抗天理教。太乙真人（徐少强饰）欲拥兵自立，预谋在皇帝狩猎之时下手行刺，不料消息走露传到苏灿耳中。
清朝初期，康熙皇帝尚且年少，奸臣从中控制政权，民不聊生。“天地会”是一个推翻清朝的民间组织。“天地会”首领陈近南（刘松仁饰）在一次行动中幸得韦小宝（周星驰饰）相救，小宝就此加入天地会，被派到王宫当卧底，偷取藏有清朝秘密的四十二章经。聪明机灵的小宝很快便成为了皇上的心腹，做了大官。小宝陷入了两难的状态，他既要执行任务却又跟皇帝成为了好朋友。就在小宝想要逃走之际，师父陈近南也找到了他，并派人监视他回到王宫。不久，小宝便受到了鳌拜同盟以及假太后的追杀，与天地会的人大战起来。
