电影《深宫怨灵》根据民间广为流传的清朝珍妃含恨跳井、冤魂复仇的后宫传说改编。故事讲述美国纪录片摄制组来到中国探寻传说真相，遭遇凶煞鬼后连环索命，更牵扯出跨越300年时空交织的神秘灵异惊天奇案。

故事发生在繁华的大都市伦敦，一场爆炸案的发生让居民们人心惶惶，很快，一个名为埃尔多安（丹尼斯·莫斯奇托DenisMoschitto饰）的男人以嫌疑人的身份被关进了监狱。政府声称掌握了重要而秘密的证据足以为埃尔多安定罪，检察院派出的律师克劳迪娅（丽贝卡·豪尔RebeccaHall饰）“有幸”亲眼见证了这批过于神秘的证据，她将出庭作证。让克劳迪娅感到吃惊的是，埃尔多安的律师不是别人，正是她的前男友马丁（艾瑞克·巴纳EricBana饰），曾经的情人成为了如今的对手，克劳迪娅该如何自处？随着时间的推移，马丁在自己所掌握的种种线索之中发现了一个惊天秘密，这个秘密将他和克劳迪娅卷入了危险之中。

恬静娴淑的女孩印蒂雅·斯托克（米娅·华希科沃斯卡MiaWasikowska饰）18岁生日之际，惊闻父亲理查德（德蒙特·莫罗尼DermotMulroney饰）死于意外的噩耗。相对于和丈夫一向不睦的母亲伊芙琳（妮可·基德曼NicoleKidman饰），从小和父亲一起打猎的印蒂雅自然承受难以排遣的哀伤与痛苦。葬礼当天，一名有着和善笑容却周身散发阴冷气息的男子毫无征兆出现在斯托克母女身边。他是理查德的弟弟查理（马修·古迪MatthewGoode饰），自称刚刚结束环球旅行赶来。伊芙琳对查理表现出不加掩饰的热情和好感，并主动留查理在家中居住。而印蒂雅对这个突然到来的叔叔怀有深深的抗拒与戒备之心。紧张的气氛在这个刚刚失去男主人的家中蔓延，斯托克一家朝向万劫不复的深渊疾驰……