在饱受战争蹂躏的非洲乡村，一名美国士兵和一名法国医生，在外星人的袭击中幸存下来。当他们在战场上寻找避难所时，士兵却忘记了他的真实身份，他们组成联合小队，这是人类应对外星人毁灭性入侵的最后一战。

1873年的美国西部，杰克·洛根（丹尼尔·克雷格DanielCraig饰）突然醒来，发现自己身处荒漠。自己为什么会在这儿，完全不记得了，身上仅有手腕上的一个神秘金属装置。为了找回失去的记忆，杰克回到了小镇上。但是他发现小镇上的居民对他却不怎么友好，而且想要在小镇上呆下去，必须得到伍德罗（哈里森·福特HarrisonFord饰）这位小镇开拓者的首肯才行。可是，最恐怖的事情却发生了，几艘诡异的外星飞船突然出现，并用劫掠走了小镇上的很多人。这时，杰克突然触动了手腕上的金属装置，将一艘外星飞船打了下来，并组建找回了部分记忆。为了救回被抓走的人们，查明这些不明外星飞船的意图。小镇上团结起来，在杰克和伍德罗的带领下，向着外星飞船飞走的方向，去寻找答案。

2010年，小学教员市川新市（哀川翔饰）变身斑马人，打败了前来入侵的外星人，成为全人类的偶像。但在此之后，市川却神秘消失，行踪不明。转眼15年过去，日本发生巨大的改变。正邪颠倒，罪恶横行。东京更名斑马城，每天都有5分钟被称为“斑马时间”。是时，全副武装的斑马警察倾巢出动，对仍滞留街上的市民展开毫不留情的大屠杀。邪恶的相原公藏（ガダルカナル·タカ饰）和她的女儿斑马皇后（仲里依紗饰）统治着这里，在其强大的暴力阴影下，从者众而逆者寡。某天，专门收容被斑马警察伤害的白马之家迎来了一位不寻常的病人。他就是消失15年之久的市川，但他对从前的事情一概不知。市川的学生晋平（井上正大饰）和伙伴们悉心照料着他，希望市川早日恢复斑马人的英姿，带人民脱离苦海……

难得一见的流星雨即将在俄罗斯上空出现，青年男女们兴奋非常，纷纷走上街头见证着历史性的一刻。美丽女孩尤利娅（伊琳娜·斯达森保姆IrinaStarshenbaum饰）不顾身为军官的父亲的反对，执意和特姆（亚历山大·佩特罗夫AlexanderPetrov饰）交往。在流星雨来的这天，他们躲在一隅偷欢，却不知莫大的危机正在袭来。一艘外星飞船遭到意外，结果又被俄罗斯空军击中。它在迫降的过程中给莫斯科造成毁灭性的打击，而尤利娅的闺蜜也在灾难中丧生。在此之后，尤利娅和朋友们闯入禁区，遭遇了外星人。阴差阳错，她决定救治受重伤的外星飞行员汉克（林奈·穆罕默托夫RinalMukhametov饰），而特姆等憎恶外星人带来的灾难，对汉克恨之入骨。跨越时空的爱情在此过程中产生……

2050年，流行病肆虐全球，兩名偵探正著手調查一連串邪門的謀殺案，是惡魔所為的謠言四起，但真正有關的居然是...神秘忍者！

2053年，来自宇宙的神秘生命体突然侵略地球，人类伤亡惨重，人口减损大半。面对不可琢磨的强大敌人，人类的反击屡战屡败。富士基地的日本方面军制定了打击敌人据点的最终作战计划“PLANZET”。大型机器武器的驾驶员明岛大志接到上级命令，这是一场不允许失败的战役，他必须死守基地。开战之前，大志把唯一的亲人——妹妹历美送去安全的火星避难。赌上人类存亡的背水一战开始了，出击的大志等人竭尽全力与压倒性多数的敌人缠斗。人类能度过末日之劫获得胜利么？粟津顺监督的最新原创3DCG动画电影，以最先进的技术打造出充满迫力的激战场面。

故事发生在第一部的四年之后，此时特警K（汤姆•李•琼斯饰）已经退休，成为一名普通的邮局局长，而J（威尔•史密斯饰）则继续从事MIB的工作。卡洛瑟星邪恶女王蛇莲娜来到地球需找宇宙能量“萨塔之星”，占领了MIB的总部。而当年逃亡到地球的萨塔公主萝娜曾请求MIB把“萨塔之星”藏在地球，全面负责这件事情的K为了地球的安全，拒绝了她。面对来势汹汹的蛇莲娜，MIB派J去寻找k，调查当年事件的真相，怎样说服失去记忆的K相信外星人的存在，成了J面临的第一个难题……

CIA特工Genja在泰国南部完成秘密任务。接下来她得与某组织的间谍周旋，这个组织为了抓捕她不惜一切代价。在斗争过程中她幸存了下来。在曼谷，她等了整整两年伏击而出，再次与老对手拼死一战。

洛杉矶又受到怪物的袭击，这次袭击的怪物力量远比它们的前辈更为强大，整座城市陷入了恐慌之中，罗素博士临危受死,带领着冲锋队奋起迎战。

丹尼•达可（杰克•盖伦霍尔饰）患有精神疾病，某天晚上他受到莫名的召唤，梦游，也因此逃避了一架飞机坠落在他房间天花板上，这样匪夷所思的事故。自此以后，他的生活就发生了变化，频频出现幻觉，他时常看见一个兔人弗兰克，后者告诉他世界将在28天6小时48分12秒以后毁灭；他得到了一本书，《时空旅行奥义书》，对书中提到的时空旅行、离线宇宙产生了强烈的好奇。随着世界末日的临近，杰克的生活越来越诡异，他新认识的女朋友和家人也被卷了进去。看来，杰克想实现拯救世界的愿望，需要付出更多的代价。