时间来到最终决战的两年后，在本应已迎来和平的地球上，怪兽们再度倾巢而出。与此同时，世界各地相继发生了各种入侵超古代遗迹的事件。而GUTS-SELECT（精英胜利队）也迎来了新的队长——时冈（中村优一饰），众人开启了调查。一场关乎宇宙前途命运的鏖战就此拉开序幕。挺身而出的GUTS-SELECT、前来驰援的泽塔奥特曼还有身处战斗中心的特利迦奥特曼的面前出现的是……浑身散发着不祥之气的影之继承者——邪恶特利迦的身姿。为了守护大家的笑容，特利迦奥特曼、GUTS-SELECT的队员们以及夏川遥辉/泽塔奥特曼（平野宏周饰）、伊格尼斯/黑暗特利迦（细贝圭饰），将一同投身这场光与影的大决战！

故事叙述在移送罪大恶极的罪犯们到韩国的过程中，遭遇前所未有的极端状况，船上的人们必须设法活到最后！

Threebestfriendsbandtogethertodefendtheirvaluableminingcompanyfrommonstrousalienslookingtoplunderandexterminate.

在洛克伍德庄园事件的四年后，那些6500万年前的巨兽不仅开始大量繁衍，而且正逐步走向世界各个角落，融入了人类的世界。而两个完全不同的物种，围绕有限的生存空间展开了竞争。在此期间，欧文·格雷迪（克里斯·帕拉特ChrisPratt饰）却隐居深山老林，悉心传授梅西·洛克伍德（伊莎贝拉·瑟蒙IsabellaSermon饰）各种生存技巧以及和恐龙的相处之道。谁知，一伙不速之客掳走了梅西以及迅猛龙布鲁的孩子。愤怒的欧文只得踏上追索之路。另一方面，史前巨型蝗虫的出现引起艾丽·塞特勒博士（劳拉·邓恩LauraDern饰）的注意，她也因此与好友艾伦·格兰特博士（山姆·尼尔SamNeill饰）、艾伦·格兰特博士（杰夫·高布伦JeffGoldblum饰）等人重逢。一切阴谋都指向了位于意大利的一处恐龙保护地……